آیا سدها اثرات منفی هم دارند؟ نه تنهاتالاب‌ها و درياچه‌ها (مثلاً درياچه‌ی اروميه) با سدسازی بر روی رودخانه‌های ورودی،شورتر می‌شوند و رو به زوال می‌روند، بلكه حتی گاه درياها نيز دچار مشكل می‌شوند: كم شدن آب شيرين ورودی به خليج فارس ـ در كنار ديگر عوامل ـ سبب شورتر و آلوده‌ترشدن آب اين دريا و در نتيجه، كم شدن جمعيت ماهيان و آسيب‌ديدن زندگی مردمی كهوابسته به صيد هستند، شده است. سدها از نظر طول عمر مفيد و پايداری در بهره‌سانی بهجوامع انسانی، در قياس با روش‌های ديگر بهره‌برداری از آب، فايده‌ی كم‌تری دارند. استفاده از آب در امتداد رودخانه‌ها، و در پايين‌ترين بخش‌های آن (مصب‌ها،تالاب‌ها، خورها) يا پخش سيلاب‌ها در دشت و هدايت اين آب‌ها به سفره‌های زيرزمينی (آب‌خوان داری‌) كه شيوه‌های ديرينه‌ی بهره‌برداری از آب شيرين هستند، در كنارارتقای روش‌های آبياری و صرفه‌جويی، می‌تواند شكل پايدارتری را از زيست هماهنگ بامحيط براي انسان رقم زند.
عمر مفيد سدهامعمولاً زير صد سال است، اما رودها، تالاب‌ها و سفره‌های زيرزمينی، عمر هزاران سالهدارند. در ايران كه فرسايش خاك، به دليل نابودی پوشش گياهی مرتعی و جنگلی، بسياربالا است، عمر مفيد سدها به دليل انباشته شدن رسوب، حتی كم‌تر از آن چيزی است كهسازندگان آنها پيش‌بينی كرده‌اند. مثلاً برای سد سفيدرود، يك عمر هشتاد ساله باظرفيت 8/1 ميليارد مترمكعب پيش‌بينی شده بود، اما پس از چهل سال، حدود 600 ميليونمترمكعب از حجم آن/يعنی به اندازه‌ی سه برابر حجم سد اميركبير) انباشته از گل و لایشده است. مقام‌های رسمی مسئول در بخش كشاورزی و آبياری كشور (در برآوردی كهخوش‌بينانه به نظر می‌رسد) می‌گويند كه سالانه در حدود يك درصد از حجم مخازن سدهابا رسوب پر می‌شود. با اين حساب، با در نظر داشتن تعداد سدهای كشور، می‌توان گفت كهفقط با جلوگيری از فرسايش خاك و احيای جنگل‌ها و مراتع كشور، درواقع هر سال بهاندازه‌ی يك يا دو سد به ذخيره‌ی آبی خود كمك خواهيم كرد. تازه، اين به جز كمكی استكه پوشش گياهی، به جذب اب در خاك و افزايش رطوبت محيط، می‌كند. سدها، مشكلات ديگريهم می‌سازند: به گفته‌ي مديركل امور عشايری خوزستان، آب‌گيري سد كارون 3 درياچه‌ايبه طول 60 كيلومتر به وجود آورده كه نتيجه‌ی آن زير آب رفتن هزاران هكتار اراضیكشاورزی، مراتع و خانه‌های مردم بوده است، و در طراحی اين سد هيچ فكری برای مالكانعرفی منطقه نشده است (ميراث خبر 12/5/84). با از ميان رفتن مراتع و جنگل‌هايی كه بهزير آب می‌روند، فشار بهره‌برداران اين نواحی، به نقاط ديگر منتقل می‌شود، يادام‌داران و كشاورزان اين مناطق، به حاشيه‌نشين شهرها بدل می‌شوند. در ايران، تايكی دو سال اخير، در برنامه‌های سدسازی هيچ توجهی به ميراث فرهنگی و محوطه‌هایتاريخی كه به زير آب می‌روند، نشده است. با آب‌گيری سد كارون 3 بسياری از آثارباستانی ايذه، از جمله كاروانسرای 700 ساله‌ی خار سياه دون (و بی‌شمار آثارناشناخته و كم شناخته شده‌ي ديگر) به زير آب رفتند. در پروژه‌ی سد سيوند هم آثاربسياری می‌رفت كه به كلی نابود شود، اما توجه سازمان‌های غيردولتی و مطبوعات بهموضوع (با توجه به نزديك بودن محل پروژه به آثار بی‌نظير تخت جمشيد و پاسارگاد) توانسته آب‌گيری سد را به تاخير اندازد تا شايد گروه‌های پژوهشی بتوانند بخشی ازميراث منطقه را نجات دهند. اما در ده‌ها برنامه‌ی سدسازی ديگر هيچ برنامه‌ی شناسايیآثار تاريخی و عمليات نجات‌بخشی ميراث فرهنگی انجام نشده است. در آذربايجان، درجريان عمليات ساخت سد سهند پل ايلخانی گوچينلو تخريب شده و 9 محوطه‌ی باستانی درخطر غرق شدن است، در خوزستان، سد رامهرمز باعث نابودی سد باستانی جره خواهد شد؛ درفارس، سد ملاصدرا محوطه‌های باستانی مطالعه نشده‌ای را به زير آب برده يا خواهد برد (روزنامه‌ی ايران 27/12/84).
از عوارض ديگر سدسازی، تخريب گسترده‌ایدامنه‌های كوهستانی در جريان خاك‌برداری و جاده‌سازی و احداث تاسيسات ديگر است. نمونه‌ي كوچك اما بارز در اين زمينه، پروژه‌ی سد و نيروگاه سياه‌بيشه در جاده‌یچالوس است. در اين پروژه، در چند كيلومتر از امتداد جاده، می‌توان شيب‌های سابقاًجنگلی و مرتعی را ديد كه به كلی مخروبه و مبدل به دامنه‌های پوشيده از خاك سست وبی‌گياه شده است. سدها، مسير مهاجرت پاره‌اي از ماهيان را كه براي تخم‌ريزي از دريابه رودخانه می‌آيند، مي‌بندند و به اين ترتيب نسل آنها را رو به انقراض می‌برند. همچنين، اكوسيستم پايين دست سد به علت كم شدن يا قطع جريان آب، ونيز به دليل بازكردن گاه به گاه دريچه‌های زيرين سد (براي رسوب‌زدايی) به شدت آسيب می‌بيند. خلاصهآن كه برنامه‌های سدسازی، از فعاليت‌هايی‌هستند كه محيط زيست را به شدت تحت تاثيرقرار می‌دهند. مطالعه‌ی بوم‌شناختی همه جانبه، در نظر گرفتن منافع بهره‌برادرانسنتی مسير رودخانه، توجه به منافع اقتصادی درازمدت به جای پاسخ دادن به نيازهایفوری يك منطقه، نظرخواهی از سازمان‌های زيست محيطی پيش از شروع پروژه، و باز گذاردنراه دسترسی به اسناد ارزيابی زيست محيطی طرح برای سازمان‌های غيردولتی، می‌توانداثرات منفی سدسازی را به حداقل برساند.